西元9世纪，比萨成为一独立自主的共和城邦，开始在地中海域与威尼斯、热那亚的船队竞争。11世纪，比萨亦成为十字军东征海路的基地之一，藉着与回教徒的战争从东方取得大量货物，使其东西贸易事业更进一步。12世纪至13世纪初，比萨的国力达到巅峰，市区的建设有许多均完成於这段时期，包括比萨大学的设置。

13世纪开始，比萨为了与教皇对抗而加入皇帝派的阵营争取神圣罗马帝国的帮助，但此举却使其与身为教皇派的佛罗伦斯、路卡和热那亚形成成敌对局面，他们由海陆两面夹击，终於在1284年的海战中击败了比萨最坚强的舰队。从此，比萨成为佛罗伦斯的领土，而属比萨的科西嘉和萨丁尼亚则归热那亚所有。

Medici家族统治佛罗伦斯之後，对比萨的发展相当注重，特别是在科学方面。着名的天文暨物理学家伽利略(Galileo Galilei,1564～1642年)，就是在Medici家族的Cosimo II全力支持下有所成就，因为当时他所提出的地圆说和教廷极力支持的地平论大相迳庭，若非有Medici的庇护，伽利略早就以异教徒妖言惑众的罪名被处死。

成为佛罗伦斯一份子后，比萨跟随其共同踏上历史舞台，Medici家族结束、拿破仑统治、拿破仑失败、意大利统一运动兴起、意大利王国成立，比萨成为现代意大利的一员至今。在这段历史起承转合中，比萨也逐渐远离海洋，变成完全的内陆城市。